Friday, March 31, 2017

Fem smarte måter å gå over til åpen vitenskap

Artikkelen "Five ways consortia can catalyse open science" skrevet av Joel Cutcher-Gershenfeld med kollegaer publisert i Nature er spennende fordi den har undersøkt 50 vellykkede åpen vitenskap prosjekter og funnet ut at man må bygge ut fra midten. Top-down og bottom-up i akademia er ofte dårlige strategier. Prinsippene er ganske enkelt forklart med denne matrisen fra artikkelen:

Consortia dos and don’ts

StrategyDoDo not
Build out from the middleLegitimize new cross-cutting entities that catalyse sharing.Assume ‘top down’ or ‘bottom up’ initiatives will be sufficient.
Forge a shared visionConduct outreach so stakeholders explicitly voice goals and identities.Assume that stakeholders all agree on what is ‘at stake’.
Accommodate diverse, changing interestsRegularly map needs. Adjust and maintain shared vision.Assume that stakeholders have the same needs or fixed needs
Multiply impactsAllow coalitions to forge new forms of cooperation.Undermine consortia members’ independence.
Co-evolveAdapt social and technical systems to emerging needs and practices.Assume that if you build it, users will come.

Tuesday, March 28, 2017

Ferske lenker om Preprint, Norge ligger etter i løypa som vanlig

Oppdatering: Når man snakker om sola.. http://www.sciencemag.org/news/2017/03/european-commission-considering-leap-open-access-publishing

Preprint er i vinden, men hovedsakelig i USA ifølge folk som følger med på Twitter. I Norge og i Europa så har man konsentrert seg om "flipping journals" til grønn eller gull, mens EU-kommisjonen ser nå ut til å følge opp på preprintsporet. Erfaringene fra Nederland og Finland er at de har liten sjanse til å få noe ut av harde forhandlinger med Elsevier, og Björn Brems med flere ser nå etter muligheten for å droppe tidsskriftene til fordel for preprint-metoden. Bill Gates er god på forretningsstrategi, og han satser på preprint, det bør være et godt varsel. Det vil uansett være en forhandlingsstrategi som virker på de store forlagene tenker jeg. Her er noen ferske lenker om temaet:


Først en del medieomtale om Gates Foundation sin satsing på arXiv-teknologien:






Her er Wellcome Trust sin nye database:

National Institute of Health (NIH) oppmuntrer til og godtar preprint på linje med artikler i søknader til forskningsmidler, en enorm statusheving:



Her er tre ferske The Economist-artikler om preprint:







Her er en interessant trendrapport om preprint i Europa: " In Europe there are few advocates for preprints: just search for #preprint on Twitter and you will see that most of the activity takes place when America is online."


Humaniora kommer etter her: https://osf.io/preprints og her https://hcommons.org/

Det er mange som kritiserer tidsskriftet som format for vitenskapelig publisering og kommunikasjon, her er et par av dem fra henholdsvis cellebiologi og medisin:




Registered reports som svar på positivistisk uskikk i samfunnsfag


Jeg fant et tydelig bevis på positivismens dominans i psykologien her om dagen, og samtidig et tydelig bevis for den forskningsskikken som har utviklet seg. Følgende er fra boka:
Darley, J. M., Zanna, M. P., & Roediger III, H. L. (Eds) (2002). The Compleat Academic: A Career Guide. Washington, DC: American Psychological Association andre utgave:

There are two possible articles you can write: (1) the article you planned towrite when you designed your study or (2) the article that makes the most sensenow that you have seen the results. They are rarely the same, and the correctanswer is (2).
På side tre diskuterer forfatterne de moralske sidene med denne framgangsmåten slik:

No, this is not immoral. The rules of scientific and statistical inference thatwe overlearn in graduate school apply to the “Context of Justification.” They tellus what we can conclude in the articles we write for public consumption, andthey give our readers criteria for deciding whether or not to believe us. But in the“Context of Discovery,” there are no formal rules, only heuristics or strategies. 
Dette høres veldig tvilsomt ut, og jeg mener at Open Science Framework sin Registered Reports tjeneste er en fin mulighet til å rette opp denne uskikken med fisketurer i datamaterialet:


 

Dette har medført at den europeiske debatten er låst til å handle om tidsskriftenes vidare livsvilkår, og berre gull og grøn open access diskuterast i Europa. Amerikanerane er mykje meir kreative her med Gates Foundation i spissen, men også Wellcome Trust, EU-kommisjonen fylgjer etter og NIH er veldig gode på "Preprints".

 


Thursday, March 23, 2017

Kommentar til Norsk Webdewey og samarbeid om klassifikasjon

Det ser ut til å foregå en dragkamp mellom yrkesgruppene bibliotekarer og universitetsbibliotekarer for tiden i forbindelse med inføringen av Norsk Webdewey og samarbeid om klassifisering. Det er i detaljene de viktige avgjørelsene blir tatt, men detaljene har ganske mye å si for hvordan resultatet kan bli. I spørsmålet om graden av autoritet til Library of Congress, British Library og Nasjonalbiblioteket sammenlignet med fagreferentene sitt skjønn, så er det uklart hva som skal telle mest, men det virker som om det allerede er bestemt at institusjonell autoritet skal ha siste ord, uavhengig om det er en faglig holdbar avgjørelse eller ikke. Men et lite komma kan gjøre stor forskjell på resultatet, som i den oppkonstruerte setningen:


"Heng universitetsbibliotekaren, ikke la dem bestemme klassifikasjonsnummeret" og "Heng universitetsbibliotekaren ikke, la dem bestemme klassifikasjonsnummeret"


Ingebjørg Rype, Unni Knutsen og Anette Munthe hadde en presentasjon om det norske samarbeidet for Deweyklassifisering på Bibsysmøtet i Trondheim tirsdag 14. mars med tittelen "Norsk WebDewey og samarbeid om klassifikasjon". Det er mange gode poenger i presentasjonen, men på meg så virker det åpenbart at foredragsholderne ikke anser fagkompetanse utover å være bibliotekarutdannet som nødvendig for å fastslå hva en bok dreier seg om. Library of Congress, British Library og Nasjonalbibloteket virker å være særlig dominert av bibliotekarer i motsetning til universiteter som tradisjonelt har hatt et større innslag av universitetsbibliotekarer som har sin bakgrunn fra universiteter.


Min erfaring med å kjøpe inn til universiteter er en annen oppgave enn å ta imot alt som produseres innenfor et land slik som Library of Congress i praksis gjør for USA, British Library gjør for Storbritannia og Nasjonalbiblioteket gjør for Norge, fordi de fleste bøker vi kjøper inn kommer fra utlandet. Bare ca. 1 prosent av verdensproduksjonen av vitenskap kommer fra Norge, så universitetetene i Norge er veldig fokusert på utenlandske bøker. Man kjøper dessuten fra forskningsfronten, som ofte er nye forskningsfelt som konstant krever nye Deweynumre, og som hverken Library of Congress eller British Library produserer raskt nok og er geografisk dekkende nok til at vi kan basere oss i stor grad på deres hjelp. Dessuten er det for økonomifaget sin del ikke utdannede samfunnsøkonomer som klassifiserer, så numrene blir ofte feil når temaene blir kompliserte. Og faglitteraturen er ofte så komplisert at ingen greier å fastslå innholdet i løpet av noen minutter, særlig når man må ha noen års utdanning for å skille for eksempel økonometriske modeller fra mikroøkonomiske modeller.


Jeg mener det er viktig med gode fysiske biblioteker selv i vår digitale tidsalder, men god klassifisering og gode emneord er også viktig dersom man skal få noe ut av semantisk web og mapping. Hvis norske biblioteker skal produsere innholds-metadata, så bør det gjøres godt nok. Det trenger ikke være en inntier, det holder at det er i "svarten" på skiva, men Library of Congress og British Library treffer for mye i det hvite feltet og har skivebom til at jeg anser det som "godt nok". Det er ikke så rart, for når jeg med fem års spesialisering knapt skjønner hva boka dreier seg om selv etter en halvtimes lesing, så sier det seg selv at bibliotekarer eller andre uten fagkompetansen greier å plassere den riktig i systemet. Jeg regner med at bibliotekarer er uenige i det, men det er det jo lett å kontrollere i en systematisk testsituasjon, jeg stiller gjerne opp.

Wednesday, March 15, 2017

Islamisme og politisk korrekthet

Dr. M. Zuhdi Jasser ble intervjua av Steve Postal om sin kamp mot islamisme og politisk korrekthet 30. januar i artikkelen A Muslim Reformer Speaks Out About His Battle Against Islamism And PC. Denne muslimske reformbevegelsen har et program som ligner veldig på vestlige liberale verdier. Jasser er aktuell i forbindelse med at Thorgeir Kolshus ved universitetet i Oslo, har poengtert i to kronikker i Aftenposten at vi bør slå ring om noen umistelige norske verdier, og heller glemme uvesentligheter som hudfarge, etnisitet og religion slik jeg forstod det. Kolshus skriver:


Så jeg gjentar den, i minnelighetens navn: La oss samle alle gode krefter for å sette fingeren på de umistelige trekkene ved norsk kultur. Den byrden er det i vår alles interesse at Toje ikke aksler alene.  
Jasser er inne på det samme som han kaller elefanten i rommet, det at Vesten ikke har gjordt nok for å spre ideene om frihet i egen befolkning. Han "håper" at den frie verden vil ta frihetens side. Det er ganske sterkt når en av de viktigste representantene for muslimske reformbevegelser sier dette mener jeg:
Q: In the last 30 years, Saudi Arabia has
spent more than an estimated $100 billion to fund the spread of Wahhabism worldwide (in contrast to the $7 billion the USSR spent spreading communism from 1921 through 1991). How does the MRM hope to compete with these vast Saudi expenditures?
A: That’s the elephant in the room. The West needs a major information program to advance ideas of liberty. The hope is that the free world will take the side of liberty, and theocracies and quasi-theocracies will fall.
Da Datalagringsdirektivet i EU ble forsøkt presset fram for noen år siden, så var det for det første amerikanerne som presset dette på EU, og for det andre så var det et handelsdirektiv, ikke et sikkerhetsdirektiv. Det har sin årsak i at det vanlivis er enkelt å omgå alle slags demokratiske spilleregler med handelsavtaler siden de for det meste er hemmelige forhandlinger. For det andre så var Datalagringsdirektivet den gangen mest sansynlig et utslag av Hollywood sin allianse med nyliberalistene om å beskytte opphavsretten når de så at verden ble mer og mer digitalisert. Dette passet nyliberalistene, som sitter med bukten og begge endene over alt i Vesten, fordi når man kan lage digitale varer med eierskap, så kan man videreføre gamle nyliberalistiske verdier til den digitale verden. Moralistiske krefter så også sin mulighet for å gjenopprette paternalistiske strukturer som en motvekt mot det de oppfatter som et norm-kaos i forbindelse med digitaliseringen av samfunnet. Frihetsverdier, personvern og delekultur kom ut som den tapende parten. Den vestlige prinsippløsheten mot frihetsverdiene kan ha etterlatt et vakum som islamister kan ha forsøkt å fylle, og ikke minst, det politisk korrekte massemedia og akademia sin hensynstagen til Islam glemte å forsvare frihetsverdiene slik at de ga høyresidene et lett spill i sin argumentasjon.


Hanne Skartveit uttalte på Debatten på NRK 9. mars denne kritikken av Rights.no:


Dere tar ikke opp i dere at det er sammensatt bilde hvor du også må sørge for inkludering, og sørge for at vi har et samfunn som skal fungere, hvor alle skal bli gode medborgere, og det snakker dere svært lite om. Dere blir en særgruppe, mens vi i massemediene, opplever jeg, bringer alle elementene inn og ser at her er det en tosidig affære å få et godt og integrert samfunn. 

Thomas Hylland-Eriksen har i snart tredve år vært en selverklært kulturimperialist, og har gjentatte ganger benektet at han er en kulturrelativist, som i denne artikkelen i Dagbladet fra 2009:


- Hvis Lem tror jeg ikke er tilhenger av menneskerettigheter og likestilling, kan han ikke ha lest noe av det jeg har skrevet. Jeg er ikke kulturrelativist, jeg har vært erklært kulturimperialist i over tyve år. Jeg går inn for det beste i arven fra opplysningstiden, som for øvrig er europeisk og ikke spesifikt norsk, men samtidig ser jeg ikke noe galt i å behandle annerledes tenkende med et minimum av respekt og åpenhet, sier Eriksen.  
Høyresiden og venstresiden har helt klart blindsoner begge to. Når høyresiden benekter klimaendringer, problemer med blyammunisjon på jakt, og at både mennesker og dyrearter er født homofile osv. så har de godt framforsket fakta mot seg, og siden mesteparten av disse faktaene ble forsket fram fra en "underdog"-posisjon for mange år siden, så er det lite hold i at klimalobbyer eller homolobbyer har medvirket noe særlig til et falskt resultat. Venstresiden har på sin side sett på folk fra den tredje verden som et potensielt proletariat som har vært undertrykt fra vesten fra kolonitiden. Det har gjordt at de av taktiske årsaker framhever selvpisking og ser gjennom fingrene på menneskerettighetsbrudd som er gjordt fra grasrota i utviklingsland.


Roboter på internett har blitt satt i gang med å avsløre "fake News", men det mange ikke vet er at de også brukes på vitenskapelige publikasjoner og avslører omfattende feilkilder i akademia. Fabian Zuleeg mener at utdanningssystemet må mobiliseres for å forhindre populisme.


Zuleeg er administrerende direktør og sjeføkonom i European Policy Center (EPC), en uavhengig tankesmie i Brussel, dedisert til å fremme europeisk integrasjon. Han kommer til Internasjonaliseringskonferansen 2017.
.......
– Utviklingen Europa er inne i nå, utgjør en reell trussel mot våre nasjonale demokratier. Mye mer enn EU står på spill, mener Zuleeg.
– Sentrale europeiske verdier står på spill. Vi ser konturene av et mer regressivt og illiberalt Europa, mer nasjonalistisk og autoritært, mer proteksjonistisk, fremmedfiendtlig og intolerant.
– De store politiske konfliktene foregår ikke lenger i den tradisjonelle høyre/venstre-aksen. Nå er det snakk om forkjempere for liberalt demokrati mot populister og hvor sistnevnte jobber for mer lukkede og egoistiske samfunn, sier Zuleeg.
– Underliggende handler det om polarisering mellom de som frykter endringer på den ene siden, og de som omfavner endringer og tror de kan tjene på dem, på den andre. Populister er drevet av fremtidsfrykt.
 Jeg mener at Zuleeg har mange gode poenger, men han bommer dersom han avfeier alternative medier sine bidrag til å få fram fakta og viktige europeiske verdier. Og han ser ikke det forfallet som akademia og massemedia har kommet opp i de siste årene. Han glemmer at mange på høyresiden ikke har noe imot en "smeltedigel", men mot det multikulturelle samfunnet, og at de fleste på høyresiden ønsker ytringsfrihet og internasjonal solidaritet.


Noe av det mest spennende med vitenskap i dag er når sosiologien som fornekter "født sånn" blandes med vitenskaper som biologi fornekter "blitt sånn". Den nyere teorien om den kollektive intelligensen som Joseph Hendrich med flere gjør store oppdagelser som er relevante for vår tids digitale og internasjonale verden mener jeg. Det gir helt andre diagnoser og konklusjoner enn den tradisjonelle kampen mellom hierarkiske systemer legger opp til.Elizabeth Kolbert har skrevet om kampen mellom hierarkiske systemer i The New York Post i artikkelen "Why Facts Don’t Change Our MindsNew discoveries about the human mind show the limitations of reason." Det er her Zuleeg blir et offer for sin fasttømrede hierarkiske tankegang, han ser ikke at sannheten ligger i de kollektive strukturene, men tror de ligger i et bestemt hierarki. Vitenskap bør ikke fortsette å bygge pyramider, men heller utnytte dynamikken i kollektiv intelligens ved hjelp av digital teknologi og tverrfaglige tilnærminger. Det er et kunnskapssyn som jeg synes blir godt fortalt av David Weinberger i boka "Too Big to Know" og at Zuleeg og de populistiske høyresidene er et godt eksempel på at de enda ikke har forstått denne overgangen fra det Weberianske papirsamfunnet til det Weinbergerske digitale samfunnet.

Friday, March 10, 2017

Akademia kan styre mot nedskjæringer som en følge av dysfunksjonelt vitenskapssystem

Oppdatering 19. mars: Trump vil kutte 5.8 mrd usd til medisinsk forskning.

En av Donald Trump sine rådgivere har sagt at når du hører ordet fagfellevurdering så bør du gripe tak i pistolen. En annen av rådgiverne hans spør rett fram om det er noe poeng med offentlig finansiert vitenskap. Dersom man ikke løser replikasjonskrisa så kommer de anti-intellektuelle til å vinne mener Björn Brembs i bloggposten "Are we inadvertently supporting the defunding of public science?"


En annen kraft for privatisering er "flipped classroom" modellen for arbeidsplassopplæring. Privatisering av utdanningssystemet har vært et tema ganske lenge fordi privat sektor kan tilby "face-to-face" opplæring, og kan bruke digitale MOOCs til å ta over den infrastrukturen som forelesningssaler og lesesaler. Universitetene kan miste store markedsandeler til det private noe som den siste utviklingen i USA kan gi en indikasjon på slik Rana Foroohar i Financial Times skriver om i artikkelen "The silver thread of technology that runs through future jobs":


“In partnership with private sector leaders like Ginni, the administration intends to support and amplify industry efforts to educate and train the workforce of tomorrow,” says Ms Trump.


Når de svært effektive propagandamaskinene til høyresiden tar tak i disse problemene i akademia så er jeg bekymret for hva utfallet blir. Selv om mye positivt skjer innen åpen vitenskap for tiden, så ser det dessverre ut til at akademikerne ikke har sett denne "allmenningens tragedie" enda, men det skal bare noen nært forestående politiske valg til nedskjæringen kommer for fullt. Hva er mer logisk for høyresiden enn å gjøre sine meningsmotstandere arbeidsledige, og tenk på hvor lett det kan bli med de faktaene om vitenskapelig kvalitet som står til deres rådighet? Nå har akademia veldig kort tid på seg for å rette opp replikasjonskrisen tror jeg.

Thursday, March 9, 2017

MIT Media lab med pris for ulydighet på 250 000 USD

MIT Media Lab som hører til verdens høyeste rangerte universitet MIT ifølge Times Higher Education 2017, utlover 250 000 USD eller 2,14 millioner kroner til den mest ulydige forskeren. Jeg tipper at denne omfavnelsen av alle slags ideer også kan ha bidratt til at MIT har blitt nr. 1 i verden. Konformiteten for å tekkes dem som sitter på pengesekken er på mange måter i ferd med å dominere den vitenskapelige konkurransen, og det er fint at de beste universitetene prøver å gjøre noe med tilstandene.

Wednesday, March 8, 2017

Topicgraph i JSTOR, test på ei bok

Topicgraph i JSTOR virker ganske godt på engelskspråklige dokumenter. Jeg har testa den på boka OpeningScience fra Springer. Topicgraph virker på den måten at dersom maskina identifiserer gulrøtter, såfrø, innhøsting, i nærheten av hverandre, så konkluderer den med at det er snakk om hagearbeid. Topicgraph bruker det kontrollerte vokabularet til JSTOR når den grupperer i emner. Det går sikkert å bygge ut algoritmene slik at de kan analysere store mengder tekst så de blir mer og mer nøyaktige.

For example: if the terms "carrots," “seed," "harvest," and "backyard" are used in close proximity to each other, the topic model might suggest that the topic being discussed is "Gardening," even if the term itself is never used.  
The topic model we are using on this project was created by analyzing the entire corpus of scholarship within JSTOR. In doing so, we were able to leverage JSTOR Thesaurus, a controlled vocabulary of over 50,000 terms describing the content within JSTOR, for help in both naming the topics and in "training the content model."

Tuesday, March 7, 2017

Frontiers Media historien

Frontiers media er en utrolig historie om forskerparet Kamila og Henry Makram som startet Open access tidsskriftet Frontiers allerede i 2007. De produserer flere av verdens mest siterte open access tidsskrifter ved siden av å være forskere på høyeste nivå. Det er bare ett amerikansk universitet med institusjonelt medlemsskap og ett norsk. De blir støttet av Nature og Holzbrinck så de har neppe pengeproblemer, men litt rart likevel. Kamila Markram har skrevet en fantastisk bloggpost om hvordan åpen vitenskap er en forutsetning for en bærekraftig verden. Begge to er TED talere. Henry Markram satset på å simulere en menneskehjerne i 2013 men har "bare" klart å simulere deler av en musehjerne foreløpig. Ved hjelp av Moores lov og åpen vitenskap så skulle det sikkert la seg gjøre og da skal jeg prøve å få oppdatert denne bloggposten. Med tanke på hvor viktig disse tidsskriftene er så burde kanskje flere norske universiteter og høgskoler tilrettelagt mer aktivt for at norske forskere kan publisere der? Det skal bli spennende å følge med på Markram-paret og Frontiers Media.

Friday, March 3, 2017

Åpen vitenskapsfestival for afrikanske land i Pretoria

Spennende konferanse i Pretoria:


The Energising Scientific Endeavour through Science Gateways and e-Infrastructures in Africa project (Sci-GaIA) will be holding a User Forum and Conference on 23 to 24 March in Pretoria, South Africa.
During the course of the project (May 2015-May 2017), Sci-GaIA has worked with research communities across Africa, in fields such as public health, environmental monitoring, medical imaging, natural language processing and machine learning and bioinformatics, to promote the Open Science paradigm.
The project has also worked with key partners such as DataCiteORCIDIndigo-DataCloud and EGI to deliver a viable Open Science Platform. A series of training activities has produced re-usable material for the development of Open Science applications.

Wednesday, March 1, 2017

Kunstig intelligens i fagfellevurderingen i startgropa? Patentproblemer?

Elementer av kunstig intelligens brukes allerede til å velge ut og invitere fagfellevurderere i systemet Evise som eies av forlaget Elsevier. JANNE I. HUKKINEN skriver i Wire om hvordan systemet fungerer og avslutter med denne kommentaren:
New knowledge which humans no longer experience as something they themselves have produced would shake the foundations of human culture.
Nå som Endnote er under kontroll av kinesiske eiere så de sansynligvis har tilgang til bakdører, og de samme kineserne kontrollerer hvilke tidsskrifter de vil ha i basen sin så bør man spørre seg om man vil være komfortabel med at de har patentene på kunstig intelligens systemer også. Akkurat nå eies CRISPR av Harvard/MIT og Berkeley, men den såvel som Web of Science kan selges til Kina eller Saudiarabiske investorer. Elsevier skaffer seg programvarepatenter som kan fjerne brysomme grasrotorganisasjoner. De selv bryter avtaler om open access systematisk mens lesere av forskning får opptil åtte års fengsel.

Annoteringsfunksjonalitet ble webstandard 23. februar 2017 etter nesten fire års arbeid.

Det betyr at man ikke kommer til å være avhengig av Javascript for å bruke Hypothes.is når man skal annotere bøker, artikler, rapporter osv. i dokumenter. Her er et eksempel på en bok som er annotert, og her er en lettfattelig beskrivelse av den nye webstandarden. Her er omtale av nyheten.







Tekst- og datautvinning kurs på Aarhus universitet

Aarhus universitet arrangerer et sommerkurs i tekst- og datautvinning for humariora og samfunnsfagstudenter sommeren 2017 for studenter på alle nivåer. Det er ingen krav til tidligere kunnskaper annet enn enn en positiv interesse. Jeg tror kurset kommer til å bli fylt opp veldig raskt, så her gjelder det å være raskt ute med påmelding. Et annet tips er at Contentmine.org tilbyr opplæring og kursing på workshop til en rimelig sum så vidt jeg har skjønt. Her er lenken til TDM-kurset til Aarhus:


TEXT MINING THE GREAT UNREAD: DATA-INTENSIVE METHODS AND DIGITAL TOOLS FOR ANALYSIS OF TEXTS IN THE HUMANITIES AND SOCIAL SCIENCES